利用diamond进行dbcan数据库建库并进行CAZyme注释(2022.8)
利用diamond进行dbcan数据库建库并进行CAZyme注释(2022.8)
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利用实验室服务器,没有管理员权限很麻烦,但最后还是完成了。
首先,下载cazyme数据库,直接wget就行。官网http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2/
wget -c http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2/download/CAZyDB.07312018.fa
但是不知道为什么无法访问这个网站,直接挂v打开也不行。那就去找找有没有别的,在内布拉斯加大学林肯分校一个实验室下找到了。喜大普奔。
Index of /dbCAN2/download (unl.edu)
不知道怎么下载(hahaha实在是太菜鸟了),另存为是.fa.txt不知道能不能直接删掉txt后缀编程fasta文件(有没有人能解答?)。然后我就走弯路,用python下载了。
import wget
url = 'https://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/CAZyDB.07312018.fa'
file_name = wget.download(url)
ok下好了,传入服务内建库。大概15秒,完成会会得到一个dmnd后缀文件。
diamond makedb --in CAZyDB.07312018.fa --db CAZyDB.07312018
开始比对。大概40秒,在原序列文件夹下输出一个out后缀文件。大功告成!
for file in [序列文件夹]/*.faa; do diamond blastp -q "$file" -d [数据库文件夹]/CAZyDB.07312018.dmnd -f 6 -k 1 -o "$file".out -e 0.00001 -p 20; done
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