问题描述

使用R包GEOquery v2.72.0时，出现使用curl下载超时的问题（超过120s就会报错），具体情况如下图

代码

gse <- getGEO(GEO = "GSE129374",destdir ='./data')

排查过程

首先排查网络问题，科学上网后发现还是会出现这个错误。报错的提示中表示downloadFile函数报错。选择去查找downloadFile和getGEO函数的调用关系。

首先进入getGEO函数内部(rstudio等ide按住ctr+鼠标点击函数可以进入包的代码块，或者到github去找代码块，github也可以显示调用关系，但是要注意版本一致)。

发现getGEO主要调用了parseGEO函数，进入getGEOfile函数，找到了downloadFile函数的调用

进入downloadFile函数，发现开发者将超时时间设置死了为120s，这样在包内部写死timeout的做法是非常不推荐的。

因为是包内部将timeout写死，所以没有什么办法，于是去github issue中寻找是否有人遇到同样的情况，发现有人对这个问题进行了阐述，并给了修复方法。Make timeout configurable in downloadFile() #139 作者也将改修改并入了新代码中。

该代码增加了可以自定义timeout的选项，即可以全局设置timeout，然后在函数中获取。

解决办法

因为作者将代码并入了main分支，只需根据github安装最新的版本即可。方法如下

BiocManager::install('seandavi/GEOquery')
packageVersion("GEOquery")
# 2.73.4

这时只需要全局设置timeout，即可避免问题发生

options(timeout=999999)