VEP是一款强大的注释、分析软件，在我们的变异检测中经常使用其进行SNP、INDEL、CNV和SV的注释，同时借助数据库的内容，对变异结果进行过滤。

如此一款强大和功能齐全的软件，其参数必然会非常之多，对于初次接触的人来说，过多的参数非常影响对此软件的理解和使用，甚至耗费大量时间来安装软件。

笔者也面对了此问题，耗费大量时间在软件调研和安装步骤中，为了方便后来者的快速使用，特此将安装使用心得分享给大家~~~~

一、conda 安装VEP

官网： Ensembl Vep :: Anaconda.org

1、感谢conda的强大，我们可以直接使用conda来安装vep软件，省去了多余的配置问题，但是由于vep涉及到的软件版本和依赖较多，因此建议新建一个虚拟环境来安装VEP，如下：

conda create -n vep
conda activate vep

2、conda 安装VEP 具体安装方式为：（任选其中一个可以跑通的安装方式即可）

To install this package with conda run one of the following:
conda install -c bioconda ensembl-vep==101.0
conda install -c bioconda/label/cf201901 ensembl-vep==101.0

请注意：笔者下载的是 vep=101.0版本，目的是为了与已有的数据库配套，数据库会在后面详解。

3、测试一下安装的VEP是否可以运行，尝试直接在窗口上输入 vep，发现可以跑通了：

(vep) [xxx@xxx]$ vep 
Possible precedence issue with control flow operator at /pwd/envs/vep/lib/site_perl/5.26.2/Bio/DB/IndexedBase.pm line 805.
#----------------------------------#
# ENSEMBL VARIANT EFFECT PREDICTOR #
#----------------------------------#

Versions:
  ensembl              : 101.856c8e8
  ensembl-funcgen      : 101.b918a49
  ensembl-io           : 101.943b6c2
  ensembl-variation    : 101.819eef2
  ensembl-vep          : 101.0

Help: dev@ensembl.org , helpdesk@ensembl.org
Twitter: @ensembl

http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/index.html

Usage:
./vep [--cache|--offline|--database] [arguments]

Basic options
=============

--help                 Display this message and quit

-i | --input_file      Input file
-o | --output_file     Output file
--force_overwrite      Force overwriting of output file
--species [species]    Species to use [default: "human"]
                       
--everything           Shortcut switch to turn on commonly used options. See web
                       documentation for details [default: off]                       
--fork [num_forks]     Use forking to improve script runtime

For full option documentation see:
http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html

二、VEP相应数据库下载配置

至此为止，VEP软件安装完成了，我们可以看到VEP的运行参数，但是还不能完全运行VEP软件进行数据分析，因为VEP的运行需要下载相应的database文件，包括：

cache（可以理解成其定义的一系列数据集合，vep可以直接从中调取使用数据），cache数据集版本需需要与VEP软件版本对应，笔者选择的是VEP=101.0 、cache=101.0

参考基因组，我们分析时使用的参考基因组即可

1、cache 数据集下载：

此数据集有多种下载方式：

1）运行VEP软件自带的 INSTALL.pl 进行下载，非常之慢，pass！

仍然顽强附上使用方式，若果运气好网速好，直接都配置完成：

####下载VEP的安装包，里面有相应的下载database的脚本、测试数据
git clone https://github.com/Ensembl/ensembl-vep
cd ensembl-vep
perl INSTALL.pl

2）自行从官网下载，使用wget即可下载：

需要下载cache数据集：

ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-101/variation/indexed_vep_cache/homo_sapiens_vep_101_GRCh37.tar.gz

以及参考基因组数据（可以直接使用自己用于比对的基因组）：

ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/current/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz

同样的非常之慢，但是仍然附上下载方式：

#####cache 数据库
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-101/variation/indexed_vep_cache/homo_sapiens_vep_101_GRCh37.tar.gz

tar xzf homo_sapiens_vep_101_GRCh37.tar.gz

#####参考基因组：
wget -c ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/current/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz 

3）自制cache数据库，VEP貌似也提供了相应的脚本和说明，感兴趣的可以自己去看。

4）！！！重点来了，最快的获得数据集的方式：笔者提供了下载好的cache数据集，版本为homo_sapiens_vep_101_GRCh37.tar.gz

已经放置于百度云，感兴趣的自行下载，有需要的联系笔者要分享链接吧~~

三、VEP测试

在安装完成VEP、下载好cache文件后，即可进行vep真正的测试，测试方式如下：

####下载VEP的安装包，里面有相应的下载database的脚本、测试数据
git clone https://github.com/Ensembl/ensembl-vep
cd ensembl-vep/examples
vep -i homo_sapiens_GRCh37.vcf --fork 4 -o homo_sapiens_GRCh37.out.vcf --assembly GRCh37 --cache --cache_version 101 --dir /path/envs/vep/share/ensembl-vep-101.0-1 (我们下载的cache文件的路径) --offline --fasta /path/envs/vep/share/ensembl-vep-101.0-1/homo_sapiens/101_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz  --force_overwrite

测试不报错，同时生成指定名称的文件：

homo_sapiens_GRCh37.out.vcf

至此安装及测试结束~