凌恩生物明星产品

抗性宏基因组

分析流程

又升级了！

ARGs-OAP流程更新

数据库更新为SARG v3.2版本！ 

SARG（Structured Antibiotic Resistance Genes，https://smile.hku.hk/SARGs）数据库，其由ARDB和CARD整合而成，目前更新到v3.2版本，是已知的最为完整的抗生素抗性基因数据库。

本次更新的SARG数据库（v3.2版本）通过序列比对和关键词匹配等稳健的选择标准，纳入了更多来自NCBI非冗余(NR)数据库的精选ARG参考序列，共包含了共约13672条序列，比之前2.2版本增加了约1600条序列。

  图1 更新后的SARG数据库（v3.2版本）

表1 SARG v1.0/v2.2/v3.0和CARD v3.2.4数据库中的类型/机制/亚型/序列的计数  

参考文献：

ARGs-OAP v3.0: Antibiotic-Resistance Gene Database Curation and Analysis Pipeline Optimization. Engineering, Volume 27,2023, Pages 234-241, ISSN 2095-8099.

目前凌恩抗性宏基因组项目汇总了5大数据库

全方位注释挖掘样本中的抗性基因

报告不仅包含抗性基因的多样性、丰度和分布模式，还能获得包括抗性组变化驱动因素、指示基因识别、抗性组变化分子机制、抗性基因风险排序、临床抗性基因分析等在内的一系列深入研究结果，十二大分析模块，超50+分析内容，能够满足广大科研工作者的需求。分析及作图可直接用于文章发表。

本次全新升级的

宏基因组抗性基因分析流程

凌恩抗性宏基因组

整个分析方案共包含12大类

共计超过50项的分析内容！

部分分析结果展示

客户文章案例：长江的稀有耐药组比核心耐药组表现出更高的多样性和风险

题目：Rare resistome rather than core resistome exhibited higher diversity and risk along the Yangtze River

发表期刊：Water Research

影响因子：12.8

作者单位：中国科学院武汉植物园

主要研究内容：

河流作为重要的淡水生态系统，其中抗生素抗性基因(ARGs)的存在和分布与公共卫生息息相关。然而，针对河流生态系统中不同环境介质ARGs的研究还是有限的。本研究中,我们利用宏基因组学方法分析了长江游离态环境、颗粒态环境、沉积物和岸边土壤中微生物的ARGs。所有样品中都发现了26种ARGs（称为核心抗性组），其多样性为8.6%-34.7%，相对丰度占总ARGs的22.7%-89.2%。长江核心抗性基因组以外排泵和杆菌肽类抗性基因的多重耐药基因为主。稀有抗性组则主要由多药、磺胺和氨基糖苷类抗性基因为主。核心抗性组更多存在于染色体上，这意味着这些低多样性高丰度的ARGs可能是长江微生物固有的。稀有抗性组则更多存在于质粒上，表明这些高多样性低丰度的ARGs是在环境压力下获得的，并具有转移潜力。此外，我们发现核心和稀有抗性组主要由特定细菌携带。值得注意的是,在稀有抗性组中发现了22种临床关注的高风险ARGs，尤其是aac(6')-I、sul1和tetM，这些均存在于质粒上并由临床相关病原体携带。与其他介质相比，核心和稀有抗性组宿主在颗粒物相关环境中具有最高的生态位宽度，颗粒物相关环境可为抗性组宿主提供更加稳定和理想的生存条件。这项研究阐明了淡水环境中ARGs的遗传位点以及ARG宿主的群落组成机制。

图 实验设计

图 长江水体不同样本中抗生素抗性基因( ARGs )的特异性、占有率和相对丰度。

图 长江游离态细菌中属于质粒、染色体序列的核心和稀有ARG携带连续克隆系( ACCs )的比例和分类学分布。

凌恩抗性宏基因组部分客户文章