CCLE (Cancer Cell Line Encyclopedia)——癌细胞系百科全书,它提供了癌细胞系的多组学和药物作用相关数据。

Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)

1.查找目的基因在不同细胞系中的表达量

进入CCLE数据库官网Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE),点击DATASETS,点击CCLE data,点击Tools,选择cell line selector,点击create new with cell line selector+,筛选感兴趣的细胞系与基因,最后点击add column即可出现结果。

左下角可以下载细胞List在Excel中进行筛选。

2.查找含有目的基因突变的细胞系

输入目的基因,选择Mutations模块下面的View details in the Characterization tab按钮,点击mutation即可出现。

3.查找某一细胞中的突变基因信息

输入目的细胞名称,待跳出如下页面后,一直下拉页面到如下图所示,看到Mutation词条,此时显示的就是该细胞中有突变的基因list,同样Fusion的词条是融合的基因list,Translocation的词条则是一些易位的基因list(友情提醒:这些都是可以下载的信息哦~)

参考学习:CCLE数据库使用指南(更新后版本) - 知乎

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