系统：deepin15.11 处理器：AMD3600X 显卡：RTX2060 (AMD的显卡不行)

软件：mpich3.3.2 fftw3.3.8 Nvidia450.66 Nvidia-CUDA10.0

基本操作和基本词汇解释：

终端：鼠标右键后打开的命令符窗口

备注：其中“liu”是自己本机的用户名

显卡型号对照：

Nvidia arch 型号对照​blog.csdn.net

注意:CUDA以及其他版本不一样请注意路径自己修改成适配版本，个人建议完全一致以降低错误率。

下载网站：

LAMMPS:

https://lammps.sandia.gov/download.html

MPICH3:

https://www.mpich.org/downloads/

FFTW3:

FFTW Download Page

NVIDIA驱动:（deepin请选择Linux 64-bit）

下载最新版官方 GeForce 驱动程序

CUDA：（linux→x86_64→Ubuntu→18.04）

CUDA Toolkit 10.0 Archive

〇：准备

1.更换库源

进入系统后，先进入首先打开终端

输入：vim /etc/apt/sources.list进入软件库来源文件

百度进入阿里镜像站，其中deepin系统的网址为：

https://developer.aliyun.com/mirror/deepin?spm=a2c6h.13651102.0.0.3e221b11n3AYxf

将deb [by-hash=force] http://mirrors.aliyun.com/deepin lion main contrib non-free

替换掉源文件中的地址。

2.下载好（1）Nvidia450.66（2）Nvidia-CUDA10.0（3）mpich3（4）fftw3（5）LAMMPS

为了方便，请都放在/home/liu文件夹内，并将Nvidia的文件改名为NVIDIA.run, cuda的文件改名为cuda.run

一.配置环境变量

进入终端，

cd

vi .bashrc

按“insert”进行编辑。插入

export PATH=/home/liu/lammps/mpich3/bin:/home/liu/lammps/fftw3/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/home/liu/lammps/mpich3/lib:/home/liu/lammps/fftw3/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export PATH=/usr/local/cuda-10.0/bin:$PATH

export PATH=/home/liu/lammps/bin:$PATH

按“esc”退出编辑，并按shift，连按两次z保存。

终端输入

source .bashrc

用来更新设置

二.NVIDIA驱动安装

1.禁用deepin自带开源驱动

（1）打开终端，输入cd（进入根目录）输入:

sudo dedit/etc/modprobe.d/blacklist.conf

（2）在文件内输入

blacklist nouveau

options nouveau modeset=0

保存编辑退出

（3）输入

sudo update-initramfs -u

（4）重启后，输入

lsmod |grep -i nouveau

若无输出，则禁用成功

2.安装

（1）ctrl+alt+f2进入tty2,输入

sudo service lightdm stop

用来关闭图形界面服务（关闭后系统的图形操作界面就没有啦，请不要惊慌失措）

（2）赋予权限

cd（如果文件不在根目录，请自行移动至NVIDIA.run所在文件夹）

chmod +x NVIDIA.run

（3）安装

sudo ./NVIDIA.run

安装过程中的选项：

问题：The distribution-provided pre-install script failed! Are you sure you want to continue?

选择 yes 继续。

问题：Would you like to register the kernel module souces with DKMS? This will allow DKMS to automatically build a new module, if you install a different kernel later?

选择 No 继续。

问题xx，选项是：install without signing

问题：Nvidia's 32-bit compatibility libraries?

选择 No 继续。

Would you like to run the nvidia-xconfigutility to automatically update your x configuration so that the NVIDIA x driver will be used when you restart x? Any pre-existing x confile will be backed up.

选择 Yes 继续

三.安装CUDA

打开终端,输入

cd（如果文件不在根目录，请自行移动至cuda.run所在文件夹）

chmod +x cuda.run

sudo ./cuda.run --no-opengl-libs

问题1Do you want to....

accept

问题：you are attempting to install on an ......（可能没有）

y

问题：install NVIDA Accelerated Graphics Driver for .....

n

问题：install the CUDA......

y

问题enter toolkit location

enter

问题do you want to install a symbolic link at .....

y

问题Install the CUDA......

y

问题 Enter CUDA samples location

enter

检查

在usr/local/cuda-10.0目录下打开终端

输入nvcc -V

会有信息出现

四.安装lammps

0.解压并重命名文件夹为lammps，放至/home/liu/

1.进入src文件夹，搜索make进入MAKE文件夹,找到Makefile.mpi。

2.打开Makefile.mpi并修改

CC= g++

LINK= g++

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/home/liu/lammps/mpich3/include

MPI_PATH = -L/home/liu/lammps/mpich3/lib

MPI_LIB = -lmpich -lmpl -lpthread

FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -DFFT_SINGLE -I/home/liu/lammps/fftw3/include

FFT_PATH = -L/home/liu/lammps/fftw3/lib

FFT_LIB = -lfftw3f

保存退出

五.安装 FFTW3 和MPICH3

0.解压，在/home/liu/lammps中创建文件夹fftw3和mpich3

1.必备内容安装

打开终端，

cd

sudo apt-get install build-essential

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install gfortran

sudo apt-get install csh

sudo apt-get install libjpeg62-turbo

sudo apt-get install libjpeg62-turbo-dev

2.在FFTW3文件夹（这个指你解压后的文件夹，不是刚刚创建的fftw3）内打开终端,输入:

sudo ./configure --prefix=/home/liu/lammps/fftw3 --enable-float

sudo make -j6

sudo make install -j6

3.在MPICH3文件夹（这个指你解压后的文件夹，不是刚刚创建的mpich3）内打开终端,输入:

sudo ./configure --prefix=/home/liu/lammps/mpich3 --enable-float

sudo make -j6

sudo make install -j6

六：编译LAMMPS库文件

进入/home/liu/lammps/lib/gpu文件夹,找到makefile.linux

修改信息

CUDA_HOME = /usr/local/cuda

CUDA_ARCH = -arch=sm_75

CUDA_PRECISION = -D_SINGLE_DOUBLE

注意：请根据自己的显卡类型修改sm_后面的值,对照信息在文章开头的网站里。

保存信息

在该文件夹下打开终端，输入：

make -f Makefile.linux -j6

进入/home/liu/lammps/src文件夹,输入

make no-all

make clean-all

make yes-gpu #添加gpu包

make yes-KSPACE

make yes-MANYBODY

make yes-MOLECULE

make mpi

sudo cp /usr/local/cuda-10.0/lib64/libcudart.so.10.0 /usr/local/lib/libcudart.so.10.0 && sudo ldconfig

在/home/liu/lammps/创建文件夹bin，将刚刚在src文件夹中生成好的lmp_mpi文件复制到bin中

至此完成

测试

移步至你需要测试的文件的文件夹输入：

mpirun -np 6 lmp_mpi < melt.lmp

这个是6线程运算

mpirun -np 6 lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 1 -in melt.lmp

这个是带GPU的6线程运算，目前个人测试自己的硬件下，自己的文件，3线程是速度最快的。请各位多线程用户在bios关闭超线程，应该更能加快计算速度。

两者的melt.lmp都是需要运行的in文件名，请替换为自己的文件

如果要重新安装gpu包

先在src下make clean-all

再在lib/gpu下：make -f Makefile.linux clean

注意！！！！！本文有参考他人的内容，但本文仅为给大家方便，且本人精力有限，因此没有详细列出参考网址。

如果有被参考的作者，可以私聊，会修改并给出源网址。