1. 需要安装的包

#安装这些包，加载

library(scrapper)
library(rjson)
library(limma)   
library(GEOquery) 
library(stringr)
library(survival)
library(glmnet)
library(survminer)
library(timeROC)
library(data.table)
library(ggpubr)
library(dplyr)
library(patchwork)
library(Matrix)
library(readr)
library(tibble)
library(ggplot2)
library(tidyverse) 
library(future)
library(pheatmap)
library(msigdbr)
library(clusterProfiler)
library(devtools)
library(Seurat)
library(glmGamPoi)
library(SingleR)
library(harmony)
library(DoubletFinder)
library(copykat)
library(GSVA)
library(AUCell)
library(monocle)
library(CellChat)
library(SCENIC)
library(RColorBrewer)
library(hdf5r)

2. 安装方法

2.1 大多数用install.packages

如：

install.packages("rjson")
install.packages("timeROC")
install.packages("future")
install.packages("msigdbr")
install.packages("Seurat")

2.2 一些用BiocManager::install

如：

install.packages("BiocManager")  # 从CRAN安装Bioconductor管理工具
BiocManager::install("SingleR")  # 自动处理依赖，包括编译需求

BiocManager::install("scrapper")

2.3 少数从github加载

如：

install.packages("devtools") 
library(devtools)
devtools::install_github("const-ae/glmGamPoi", upgrade = FALSE)
library(glmGamPoi)  # 加载包

2.4 极少数需要手动安装

如：

1. CellChat手动安装（需要先下载安装包，访问 GitHub 仓库（如https://github.com/sqjin/CellChat），下载 ZIP 源码）

install.packages("devtools")
library(devtools)

#需要先安装的包
install.packages(c('NMF', 'ggalluvial', 'svglite', 'expm', 'circlize', 'ComplexHeatmap', 'sna', 'ggnetwork'))

BiocManager::install('ComplexHeatmap',force = TRUE)

install_local(
  path = "D:/soft/sqjin-CellChat-v1.5.0-31-ge4f6862.tar.gz",  # 你的文件路径
  force = TRUE,                  # 强制重新编译
  upgrade = FALSE,               # 不更新依赖
  build = TRUE,                  # 强制构建包
  build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual")  # 简化构建选项
)

2. 手动安装SCENIC
devtools::install_local("D:/soft/SCENIC-master.zip", force = TRUE, upgrade = FALSE)