GSEA和Cytoscape的安装都需要java环境，所以首先要搭建好java环境。在搭建java环境之前新建一个虚拟环境，将java环境与外部环境隔绝起来。我使用的是conda建立的虚拟环境：conda create -n ja_va

我的系统是ubuntu,ubuntu终端命令行安装：

1. sudo dpkg -l | grep openjdk   可以看到好几个可供安装的java(如图一).

图1

2. 我之前安装了openjdk-8-jre-headless，但这个环境不能安装GSEA和Cytoscape。所以要将其删除。命令： sudo apt-get remove openjdk-8-jre-headless(如图2)

图2

3. 安装non-headless 的java.命令：sudo apt-get install openjdk-8-jre(图3)

图3

4. 安装结束之后java -version查看java的版本，如果出现如下图就表示安装成功。

图4

5.java环境构建好之后就可以安装GSEA和Cytoscape了。首先下载安装包：GSEA：GSEA | Login

我下载的是第二个，即gsea-3.0.jar

图5

6.安装GSEA: java -jar gsea-3.0.jar 。 gsea-3.0.jar就是下载后GSEA安装包的名字。

图6

命令运行之后就会打开GSEA(如图7)

图7

下载完成后你可以看到你的保存路径中有.sh文件。在终端执行命令：sh Cytoscape_3_7_1_unix.sh

图8

命令运行结束之后可以看到.sh文件变成了一个文件夹。打开文件夹如下图：

图9

上图中有一个图标的那文件在首次打开这个文件夹的时候它跟后面几个文件是一样的，也就是说是一个文件样的，单击之后就会加载这个软件，就变成了上图中第5个图标的样子。再次想要启动这个软件，就到该文件夹来单击第5个图标就好了。

图10

安装工作到此结束。