在使用 VPN 访问 GitHub 时，可以将 Git 的代理设置为 VPN 的代理，以便在 Git clone 时通过 VPN 访问 GitHub。具体步骤如下：

1. 配置 Git 的代理：

   git config --global http.proxy http://your_vpn_proxy_address:your_vpn_proxy_port
   git config --global https.proxy https://your_vpn_proxy_address:your_vpn_proxy_port
   

   其中，your_vpn_proxy_address 和 your_vpn_proxy_port 分别为 VPN 的代理地址和端口号。如果不知道 VPN 的代理地址和端口号，可以在 VPN 的客户端中查看，例如我可以设置为：

   git config --global http.proxy http://127.0.0.1:7890
   git config --global https.proxy https://127.0.0.1:7890
   

2. 配置完成后，使用 git config --global --unset http.proxy 和 git config --global --unset https.proxy 命令可以取消代理设置。

通过上面的步骤，就可以使用 VPN 访问 GitHub 并 Clone 仓库了。需要注意的是，使用代理可能会影响 Git 的性能，因此建议在完成操作后及时取消代理设置。