先说结论：删掉项目里.git文件后还要在版本控制里把之前关联错的项目删掉，注意，删掉时，要点 “apply”（应用）、再点ok。

好的，您遇到了一个非常典型的情况。我们来一步步解决。

您看到 "Nothing to Commit" (无可提交内容) 的提示，并且在 VCS 菜单中找不到 Enable Version Control Integration (启用版本控制集成)，这几乎可以肯定是因为：PyCharm 的配置里仍然认为您的项目受 Git 管辖，但它指向的是一个已经被您删除或无效的 .git 目录。

我们需要手动纠正 PyCharm 的设置。

第一步：移除项目中错误的 Git 目录映射

这是最关键的一步，目的是让 PyCharm "忘记" 那个错误的 Git 设置。

1. 打开设置：

   • 在 PyCharm 菜单栏，选择 File > Settings (Windows/Linux) 或 PyCharm > Preferences (macOS)。

2. 找到版本控制设置：

   • 在左侧的菜单中，导航到 Version Control。

3. 移除错误的目录：

   • 在右侧，您会看到一个 "Directory" 列表。这里很可能还保留着之前错误的映射，例如 D:\ 或者 D:\soft。

   • 选中那一行错误的目录 (例如 D:\)。

   • 点击右侧的 减号（-）按钮 将它移除。

   • 点击 Apply (应用)，然后点击 OK (确定) 关闭设置窗口。

第二步：为您的项目重新正确地启用 Git

在完成了第一步之后，PyCharm 就不再认为这个项目被版本控制了，因此 Enable Version Control Integration 选项会重新出现。

1. 重新启用 Git：

   • 现在，再次点击 PyCharm 顶部菜单栏的 VCS。

   • 您应该能看到 Enable Version Control Integration... 这个选项了。点击它。

   • 在弹出的窗口中，选择 Git 并点击 OK。

   这会在您当前项目的根目录下创建一个全新的、正确的 .git 文件夹。

第三步：添加文件并进行首次提交

现在 Git 已经正确初始化了，但它还不知道要管理哪些文件。我们需要把项目文件添加到 Git 中。

1. 查看文件状态：

   • 此时，您项目视图中的所有文件名可能会变成红色或棕色，这表示它们是 "Unversioned" (未版本化) 文件。

2. 添加文件到 Git：

   • 在左侧的项目视图中，右键点击您项目的根文件夹。

   • 在弹出的菜单中，选择 Git > + Add。

   • 执行此操作后，所有文件的颜色会变为绿色，表示它们已经被 "Staged" (暂存)，准备好被提交了。

3. 进行提交：

   • 现在，再次按下 Ctrl + K (或点击工具栏的提交按钮)。

   • 您会发现，"Commit Changes" 窗口中已经列出了您项目的所有文件。

   • 在 "Commit Message" (提交信息) 框中，输入您的第一次提交信息，例如 "Initial commit"。

   • 点击 "Commit" 按钮。

完成以上步骤后，您的项目就已经在本地被正确地进行版本控制了。接下来，您就可以按照之前的指南，使用 Push 功能将您的代码推送到 GitHub 上了。