在生信的学习中,大家都会听说过KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。

这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开发的KEGG数据库,全称为 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书)。KEGG包含多个子数据库,有代谢通路、基因信息、化合物、酶、药物等等,以及最经常使用的Pathway通路信息 (分析一般需要借助其他工具,如DAVID、KOBAS等)可与其他大型数据库链接,可同时检索相关的基因组信息数据,如NCBI、ENSEMBL等。

今天喵学姐就带大家来看看KEGG这个数据库如何查找我们感兴趣的通路和基因

数据库链接:https://www.kegg.jp/

如何检索感兴趣的通路

点击链接进入主页,左侧为导航栏,从上到下模块分别为搜索栏、简介、内容导航、子数据库列表、选择不同物种,分析工具。

我们在最上方搜索栏输入想查询的基因。会跳转到下面的界面:

会看到KEGG PATHWAY下方的MAP通路图,点进就会到下面这个界面

Entry、Name为基本信息,Description是这个通路的简介,Pathway是通路图,点击map号可以查看完整的信号通路图

点击map编号进入通路图之后,左上方的Change pathway type 可以选择不同的物种

找到感兴趣的基因和蛋白上下游之后,就可以做后续的研究设计(药物作用靶点、分子对接、湿实验等等)去进一步研究药物和蛋白作用关系

喵学姐针对分子对接、分子动力学模拟、药敏性分析等中医药生信怎么发文专门开设了一对一辅导,做生信特别是中医药方向的小伙伴。想学习的话可以添加喵学姐咨询~

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