网络药理学药物成分靶点查询——TCMSP数据库
TCMSP是一个免费的中药系统药理学数据库,包含499种中草药、2.9万成分和3311个靶点。旧版TCMSP2.3提供中药成分检索功能,可通过输入草药名(如黄芪)查询有效成分,建议筛选标准为OB>30和DL>0.18。点击成分名称可查看分子结构、靶点和相关疾病信息,并能下载mol2格式文件。通过Mol ID可在Target页面检索成分对应的靶点。该平台操作简便,为中药研究提供重要数据支
TCMSP是一个独特的系统药理学平台,用于检索药物、靶点和疾病之间的关系。该数据库收录了中国药典 499 种中草药、29384 种成分、3311 个靶点和 837 种相关疾病,还包括口服生物利用度、药物相似性、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等12种天然化合物的药代动力学特性。
今天来介绍一下TCMSP2.3旧版怎么查询成分靶点(旧版完全免费,目前已经推出新版是需要付费使用的)

检索药物成分
打开TCMSP主页(https://www.tcmsp-e.com/index.php),
点击”软件”的TCMSP
右边功能栏有检索教程、用户指南、建议参数信息等,非常简单好上手

1.检索成分
我们在“Herb Name”搜索想要查找的药物比如“黄芪”(或输入拉丁名)获得黄芪成分,建议以OB大于30,DL大于0.18筛选成分,获得黄芪有效成分。


可以将复制成分在Excel,Mol ID是TCMSP数据库给每一个成分的编号,Molecule Name是成分名称

2.筛选查询有效成分
在Molecule Name列点击成分名称,可以跳转至成分的详细网页,该页面可以查看分子结构、靶点、关联疾病、相关的草药等。为我们研究提供更多思路。
点击成分图形可以保存为mol2格式文件方便后续处理,点击下方PubChew Cld行可以跳转至PubChew关于该成分更为权威和详细的介绍网页,可以在此保存2D/3D格式,包括不限于mol2,sdf等。


3.检索成分靶点
复制成分的Mol ID,在Target页面的筛选器选择,筛选结果对应右边的靶点,可以复制在Excel。

下一期我们来看一下另一个药物转录组平台:ITCM

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