ITK-SNAP新版本重大升级：支持nnInteractive AI辅助分割

做了几年的医学图像处理科普视频，但是ITK-SNAP我基本没介绍过。但是今年，我发现ITK-SNAP除了轻量外，竟然也开始跟进时代潮流，加入了AI自动勾画。

所以，今天重点介绍一下ITK-SNAP，以及基于nnInteractive的交互式勾画功能。

上面是我勾画的一个demo,只需要在想分割的器官上点一下，就能把整个器官勾画出来。包括很多老师想要勾画门静脉，也是ok的。

目前体验下来，效果还不错，比号称分割一切的medsam要强很多（真不是拉踩，是medsam极其不稳定）

ITK-SNAP简介

ITK-SNAP 是一款医学图像三维可视化与分割软件。用大白话来说，它的作用主要有三点：

1. 看图：能很方便地打开医学影像（比如 CT、MRI），在三维里旋转、切换视角，看到身体内部结构。
2. 画图：可以在图像上手动或半自动勾画出器官、肿瘤、血管等区域，生成清晰的分割结果。
3. 导出结果：做好的分割结果能保存下来，用于科研、教学，或者作为后续建模、手术规划的输入。

特点是免费、跨平台、界面直观、上手快，所以在医学影像科研和教学里非常常见。

但这款软件，在我印象中，很多年都没有重大更新。在今年8月份左右更新了ITK-SNAP 4.4.0版本，新增了AI功能，网格可视化，还提供了多语言版本，支持中文界面。

来看看网友的评论：

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安装最新版ITK-SNAP

第一步下载ITK-SNAP

想要使用AI功能，一定认准：ITK-SNAP 4.4.0 ITK-SNAP下载地址 根据你的电脑系统选择安装

第二步配置nnInteractive环境

但是需要注意，要使用AI功能确保系统满足以下需求：

• 运行 ITK-SNAP DLS（也就是nnInteractive） 需要 NVidia GPU。可以是本地电脑有GPU，也可以远程访问有GPU的电脑。
• Python 3.10 或更高版本
• cuda和pytorch版本要匹配

ITK-SNAP DLS 有两种操作模式：

• 本地模式：： ITK-SNAP 和深度学习扩展在同一台计算机上运行，该计算机具有 NVidia GPU。
• 远程模式： ITK-SNAP 在没有 NVidia GPU 的计算机上运行，但连接到具有 NVidia GPU 的远程（或基于云的）服务器。远程服务器运行深度学习扩展程序。

我们将以第一种模式，在本地上配置举例说明。

1. 首先，打开最新安装的ITK-SNAP，点开画笔工具，在界面下方就可以看到AI工具按钮。然后会弹出配置窗口，选择yes,进行配置，如下图
   
2. 新建服务器（配置环境）

要使用AI功能，我们需要给他装环境，比如必须的numpy, torch，cuda等等。参考官网安装教程

在进来的窗口处，点击New

在这里，我们配置深度学习服务器，也就是安装环境，连接类型选择本地计算机，python可执行文件选择你电脑上之前安装的python环境，与nnInteractive所需环境匹配度越高越好。 包目录是指nnInteractive的环境安装目录，一般使用推荐目录，不用修改。这一步的作用是选择你已经在本地安装过的环境，把它迁移过来，有的安装包可以用的话就不用去网上下载。当这几步设置好后，点击设置python包就开始安装环境了，直到界面显示itk-snap deep learning server ready就表示安装成功

3. 连接服务器

在上一步成功后，按“确定”关闭对话框。您将在服务器列表中看到一个新条目。您应该在控制台窗口中看到正在运行的服务器的输出，几秒钟后，状态将更改为“已连接”。

但是，到了这一步，不出意外的出意外了！你会看到下个页面有2个问题：

第一个问题图片中没显示，是说我们用的是CPU，没有找到GPU。如果你也存在这个问题，需要进这个环境里面去重新安装cuda可用的torch版本。

在终端按如下方式安装：

C:/Users/Administrator/AppData/Roaming/itksnap.org/ITK-SNAP/dls_venv/Scripts/python.exe -m pip install torch==2.7.1+cu128 torchvision==0.22.1+cu128 torchaudio==2.7.1+cu128 --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu128

第二个问题是：print(f(\u2020 only works…unicodeEncoderError))也就是图片最后一句话的错误。

我的解决办法就是找到这个文件C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\itksnap.org\ITK-SNAP\dls_venv\Lib\site-packages\itksnap_dls_main_.py的101行，将print改了一下： print(f’only works if ITK-SNAP is running on the same computer’)

就这么粗暴的解决了。

正确连接效果如下：

当然，如果网络不畅，电脑之前没有安装过环境。你可能会出更多问题。解决不了，可以文末联系Tina姐。

第三步使用nnInteractive自动勾画

我们将一个CT图像拖到ITK-snap。选择画笔工具，选择不同的颜色及标签，点击AI按钮，然后在你的目标器官或病变上点一下，等他后台计算，不要操作过快，避免电脑GPU性能不好，导致卡死。并注意选中AI按钮后，画笔的大小默认是1，当前版本还不能修改。